در اکسیر، امنیت دارایی‌های دیجیتال کاربران اولویت بالایی دارد. به همین منظور، بخش عمده‌ای از رمزارزها (مانند بیت‌کوین، اتریوم و …) به‌صورت آفلاین و در محیطی کاملاً ایزوله موسوم به Cold Storage نگهداری می‌شوند.
تنها مقدار محدودی از دارایی‌ها جهت پاسخ‌گویی سریع به درخواست‌های روزمره برداشت و انتقال، بر روی کیف‌پول‌های آنلاین (Hot Wallet) ذخیره می‌شوند.
کیف‌پول‌های آنلاین اکسیر بر بستر سرویس‌های امنیتی سطح بالا AWS متعلق به شرکت آمازون قرار دارند و از بالاترین استانداردهای ایمنی بهره‌مند هستند.
برای افزایش سطح امنیت، اکسیر از فناوری امضای چندگانه (Multisignature – Multisig) استفاده می‌کند که در آن برای هر تراکنش نیاز به تایید چند امضا از افراد مجاز است.
همچنین، انتقال دارایی‌ها از Cold Storage تنها با تأیید سلسله‌مراتبی چند نفر از اعضای تیم امنیتی انجام می‌شود، بنابراین هیچ فردی به‌تنهایی امکان دسترسی یا انتقال دارایی‌ها را ندارد.